верстаю сайт...2 абсолютно одинаковые страницы (скопировала одну в другую), по разному отображаются в ie.

Может разные css? а ваще эксплорер не самый лючший вариант для отображения.
css это каскадная систама стилей, посмотри мб ссылку на её не правильно указали во второй странице линк должен быть.
Кроме
"лежат в разных местах и один по относительным путям находит стили, а другой нет"
или
"лежат в разных местах и в сервере эти папки на разные кодировки настроены"
никакого объяснения не придумывается
На всякий случай, возьми из ИЕ исходники страниц, сохрани на диск и сравни ДИФФом. Мало ли что.
А что у Вас с директивой DOCTYPE и тегами meta?