как происходит зачет аванса в 1с?

В разных версиях по разному где то автоматом , в основном вручную...
Если в 1С:предприятие или бухгалтерия, то зачет аванса проводится автоматически, при наличии самого аванса и при поступлении товара( выполненных работ, услуг, и в прочих приходных документов) в графе зачет аванса изменить строку "не засчитывать" на "по договору" или "без указания договора."
Если вы все правильно отражаете в 1С, то тот аванс, что вы перечисляете, машина сама засчитывает.Вам самое главное правильно относить на авансовые платежи. Если уж ничего машина вам не делает, тогда вы должны сделать зачеты вручную.Заходите в "Документы общего назначения" и делаете зачеты.
Мой вам совет.При отработке госбанка в первых числах платежи поставщикам ставите на 60/2. Если приходуете ТМЦ в начале месяца, то перечисления уже будут на 60/1.